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Die Bioinformatik bietet für die immer neuen Herausforderungen der Biologie und der Life Sciences ein mächtiges und mittlerweile unumgängliches Werkzeug. Beispiele sind die routinierte Analyse großer Datenmengen, die Automatisierung zeitaufwändiger Arbeitsschritte am Computer oder das übersichtliche Darstellen und Verknüpfen der immens ansteigenden Flut biologischer oder auch pharmakologischer Daten.

Als Schnittstelle zwischen Naturwissenschaften und Informatik biete ich Ihnen folgende exemplarische Dienstleistungen an:


Softwareentwicklung :

  • Entwicklung und Implementierung von kleinen und mittelgroßen Softwareprojekten
  • Web-basierte Anwendungen, Datenbanken und Dienstleistungen: J2EE, Hibernate/JPA, Tapestry, ...
  • auf Wunsch auch Design und Verwaltung Ihres Web-Auftritts: HTML, CSS; PHP, Javascript, SQL, ...
  • Programmierung von Scripten und ähnlichen Hilfsmitteln
  • Erstellung von und Anbindung an Bio-Datenbanken
  • Einrichtung und Installation bioinformatischer Software
  • ... nehmen Sie Kontakt auf, um zu sehen, was ich für Sie tun kann.
Schulungen und Seminare :

  • Einführung in die Bioinformatik
  • Datenbankheuristiken und Sequenzalignments
  • Phylogenien, speziell Seminare zum Softwarepaket "Arb"
  • Einführung in die Genomics: Genprediction, Funktionsableitungen etc.
  • Bio-Datenbanken
  • ... gerne passe ich meine Seminare exakt an Ihre Wünsche an
Auftragsanalysen :
  • Vergleichende Analysen von DNA- und Protein-Sequenzen
  • Erstellung phylogenetischer oder funktionaler Stammbäume
  • Design spezifischer Primer und Sonden
  • Aufbereitung und Darstellung biologischer Daten
  • Datenbankrecherchen
  • Erstellung hochwertiger multipler Alignments
  • Sequenzbasierte Identifikation von Mikroorganismen
  • (Auf Wunsch auch DNA-Extraktion und Sequenzierung in einem Partner-Labor)
  • Softwareempfehlungen für Teilbereiche der Bioinformatik
  • Genomanalysen / Genomannotationen (Prokaryoten)
  • Ableitung von Funktion bzw. Struktur der Proteine neuer Gene
  • ... weitere Analysen auf Anfrage






    nMerge : kleine und effiziente Assemblierungssoftware

    Januar 2010: Eine neue Software nMerge für die Assemblierung und manuelle Kontrolle zweier ABI-Sequenzen befindet sich in der Beta-Phase. Weitere Informationen folgen in Kürze.



    fybase : Klassifizierungsdatenbank für Mikroorganismen

    In Zusammenarbeit mit der Firma Nadicom GmbH endstand eine Client/Server-Software für Klassifizierung von Microorganismen im Pharmabereich.



    REACT: Grosses Projekt für Uni Karlsruhe startet

    Nach intensiven Vorarbeiten beginnt nun die Entwicklung eines Software/Datenbank-Pakets für die übergreifende Analyse großer Sätze von Microarray-Daten. REACT bildet dabei Microarray-Daten auf Genomische Daten ab und ermöglicht so eine hocheffiziente Suche nach co-regulierten Genen und Operons. Die Verknüfung mit weiteren internen und externen Analysemethoden erlaubt anschließend das Aufspüren regulierender Motive direkt innerhalb der REACT-Anaylse-Umgebung. Zunächst werden für die REACT-Plattform Datenbanken für Bacillus subtilis supsp. subtilis und Escherichia Coli erstellt.



    Neue tree-Datenbanken

    Die Datenbanken der Software tree wurden durch das Daten-Paket "ITS" grundlegend erweitert. tree ist nunmehr die erste Phylogenie und Identifikationssoftware die mit einer Datenbank von vor-alignten ITS-Datensätzen arbeitet. Auch das Programm selbst wurde noch einmal um eine Vielzahl nützlicher Tools erweitert. Die Industrie-Version verfügt nun über mehr als 42.000 repräsentative Sequenzen von Bakterien, Archeaen und Pilzen.



    Software PROSA

    In Zusammenarbeit mit der Firma Erbsloeh Geisenheim entsteht zur Zeit die Software PROSA (Primer/Probe Ribosomal Oligonucleotide Screening Approach), ein Programm für die schnelle und einfache Berechnung spezifischer Sonden, beispielsweise für FISH-basierte Analysen, und die Berechnung geeigneter Multiplex-PCR-Primersets.


    Structure Star 1.0 fertig gestellt :

    In Auftrag der Universität Mainz wurde in den letzten Monaten die Software Structure Star entwickelt. Das Programm ermöglicht die Übertragung bekannter Sekundär- und Tertiärstrukturen ribosomaler RNA-Moleküle auf homologe Sequenzen mit wenigen Arbeitsschritten. Detaillierte Informationen finden Sie auf der Seite 'Projekte'.


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