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Die Bioinformatik hat sich in den letzten zwei Dekaden von einer Randdisziplin Computer-interessierter Biologen zu einer eigenständigen, breit gefächerten Wissenschaft entwickelt. Das Arbeitsfeld umfasst dabei (je nach Definition) so hochspezialisierte und zum Teil klar abgegrenzte Gebiete wie die Genomics, Neuroinformatik oder das Drug-Design.

Als Freiberufler und Ein-Mann-Unternehmen kann ich Ihnen natürlich nicht die gesamte Bandbreite der Bioinformatik offerieren. Mein Interessensschwerpunkt liegt zunächst weniger auf der theoretischen Bioinformatik, deren Hauptaugenmerk der Entwicklung neuer Algorithmen und Methoden gilt, sondern auf der praktischen Seite, der Anwendung, Vermittlung, Anpassung, Integration und ggf. auch Weiterentwicklung schon vorhandener Algorithmen und Werkzeuge.

Mein Arbeitsschwerpunkt lag in den letzten Jahren vornehmlich auf vergleichenden Analysen von DNA- und Protein-Sequenzen, beispielsweise der Erstellung phylogenetischer Stammbäume, der sequenzbasierten Funktionsbestimmung unbekannter Gene oder des Metagenomics. Dabei trat die Programmierung von Software für solche Fragestellungen zuletzt immer weiter in den Vordergrund. Als besonderen Vorteil eines Freiberuflers sehe ich jedoch vor allem meine große Flexibilität. Gerne denke ich mich in neue Aufgaben hinein, nehme neue Herausforderungen an... und stelle solche Einarbeitungszeiten natürlich nicht voll in Rechnung.

Als promovierter Biologe spreche ich die Sprache der Biologen, denke wie sie, und kann mich (im Gegensatz zu den meisten reinen Informatikern) in verschiedenste biologische Fragestellungen schnell hineinversetzen. Andererseits denke ich auch algorithmisch, d.h., ich kann ein gegebenes Problem der Realwelt (Biologie) effektiv und effizient rechnergerecht umsetzen.

Je nach Fragestellung und Wunsch arbeite ich stark vernetzt mit Ihrem Team zusammen oder auch weitestgehend selbstständig, so daß Sie Ihre Zeit vollständig anderen Fragen widmen können.



Sie haben eine Idee für ein für Ihre Fragestellungen wirklich nützliches Werkzeug, das Sie sich schon lange wünschen, kennen jedoch niemand, der es programmieren kann?

Sie möchten neu einsteigen in die Welt der Biodatenbanken und Programme und wissen nicht so recht, wie?

Oder arbeiten Sie schon länger mit bioinformatischen Werkzeugen, beispielsweise mit den Tools des NCBI, und benötigen nun Hintergrundinformationen und Tricks, die Arbeit zu beschleunigen?

Für eine aktuelle Veröffentlichung fehlt Ihnen noch eine bioinformatische Analyse und Sie haben nicht die Zeit oder Muße sich in die neue Thematik einzuarbeiten?




Nehmen Sie Kontakt mit mir auf, um herauszufinden, ob und wie ich Ihnen helfen kann.
Sie werden überrascht sein, wie günstig Qualität sein kann.








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    Januar 2010: Eine neue Software nMerge für die Assemblierung und manuelle Kontrolle zweier ABI-Sequenzen befindet sich in der Beta-Phase. Weitere Informationen folgen in Kürze.



    fybase : Klassifizierungsdatenbank für Mikroorganismen

    In Zusammenarbeit mit der Firma Nadicom GmbH endstand eine Client/Server-Software für Klassifizierung von Microorganismen im Pharmabereich.



    REACT: Grosses Projekt für Uni Karlsruhe startet

    Nach intensiven Vorarbeiten beginnt nun die Entwicklung eines Software/Datenbank-Pakets für die übergreifende Analyse großer Sätze von Microarray-Daten. REACT bildet dabei Microarray-Daten auf Genomische Daten ab und ermöglicht so eine hocheffiziente Suche nach co-regulierten Genen und Operons. Die Verknüfung mit weiteren internen und externen Analysemethoden erlaubt anschließend das Aufspüren regulierender Motive direkt innerhalb der REACT-Anaylse-Umgebung. Zunächst werden für die REACT-Plattform Datenbanken für Bacillus subtilis supsp. subtilis und Escherichia Coli erstellt.



    Neue tree-Datenbanken

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    In Zusammenarbeit mit der Firma Erbsloeh Geisenheim entsteht zur Zeit die Software PROSA (Primer/Probe Ribosomal Oligonucleotide Screening Approach), ein Programm für die schnelle und einfache Berechnung spezifischer Sonden, beispielsweise für FISH-basierte Analysen, und die Berechnung geeigneter Multiplex-PCR-Primersets.


    Structure Star 1.0 fertig gestellt :

    In Auftrag der Universität Mainz wurde in den letzten Monaten die Software Structure Star entwickelt. Das Programm ermöglicht die Übertragung bekannter Sekundär- und Tertiärstrukturen ribosomaler RNA-Moleküle auf homologe Sequenzen mit wenigen Arbeitsschritten. Detaillierte Informationen finden Sie auf der Seite 'Projekte'.


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